Spre deosebire de intervențiile de chirurgie estetică și de intervențiile neinvazive, care sunt realizate pe pacienți sănătoși, chirurgia reconstructivă este realizată pe structuri nesănătoase ale organismului: cele care s-au dezvoltat anormal, care au defecte congenitale, care au suferit traume, infecții, tumori sau alte boli.
În general, chirurgia reconstructivă are ca scop redarea sau îmbunătățirea funcționalității acestor structuri, însă poate avea și un scop estetic.